Структуру Объединения составляют Региональные отделения. Отделения создаются по территориальному принципу. В одном субъекте Российской Федерации может быть только одно отделение. В региональных отделениях, согласно устава, при необходимости создаются его муниципальные или районные филиалы. В котором избирается правление с председателем, заместителем, секретарём и представителями от каждого филиала (как правило, председатели муниципальных или районных филиалов). 

Региональные отделения в своей деятельности руководствуется единым Уставом межрегиональной общественной организации «Объединения ветеранов военно-медицинской службы», зарегистрированном в Минюсте. Руководящим органом регионального отделения является его ежегодное Собрание. Собрание избирает Правление отделения и Председателя правления.

Региональные отделения выполняют решения и поручения Конференции межрегиональной общественной организации «Объединения ветеранов военно-медицинской службы», Совета Объединения, Собрания отделения. Осуществляет прием и исключение членов организации. Определяет основные направления своей работы (годовой план мероприятий регионального отделения), осуществляет финансово-хозяйственную деятельность.